Когда бессовестный Джейсон Борн сливает все секреты, в ЦРУ принимают твердое решение о ликвидации всех следов подготовки секретных разведывательных агентств вместе с агентами. Аарону Кроссу получается избежать зачистки и спасти ученого-исследователя Марту Шеринг (Рэйчел Вайс). После чего они пытаются скрыться от Эрика Байера (Эдвард Нортон), он беспощадно зачищает каждого нежелательного агента. Сложность ситуации состоит в том, что Аарону, для того чтобы не умереть, нужно поддерживать себя специальными таблетками.